Tavallisimmin paimenkoiria käytetään esimerkiksi lampaiden, nautojen, porojen ja siipikarjan paimentamiseen. Paimenkoirat työskentelevät aina ihmisen kanssa yhdessä. Hyvä paimenkoira pystyy kuitenkin hakemaan kauempaakin laitumelta ilman ohjaajan jatkuvaa ohjausta.

Eri rotujen paimennusominaisuudet näkyvät eri tavoin ja painotuksin. Toiset rodut voivat esimerkiksi ohjata eläimiä edellään ja toiset kokoavat ja pysäyttävät lauman. Muun muassa bordercolliet ja australiankelpiet kiertävät luontaisimmillaan karkaavan eläimen eteen pysäyttäen eläimen, jonka jälkeen ne kääntävät sen takaisin laumaan ja tuovat lauman ohjaajan luokse.

Kotimaisista roduista lapinkoiraa ja lapinporokoiraa on perinteisesti käytetty porolauman paimentamiseen.