Sukusiitos

Sukusiitos vähentää perimän monimuotoisuutta

Sukusiitos kasvattaa sen todennäköisyyttä, että koira perii tietyn geeniparin molemmat versiot eli alleelit samalta esivanhemmalta. Täten sukusiitos vähentää yksilön eriperintäisyyttä eli heterotsygotiaa, mikä lisää myös haitallisten väistyvien geeniversioiden ilmenemistä. Väistyvä vika tai sairaus tulee tällöin ilmi, kun geeniparissa ei ole enää normaalia alleelia varmistamassa geenin toimintaa. Sukusiitoksen määrää voidaan arvioida joko laskennallisesti koiran sukutaulusta tai DNA-analyysillä (ns. genominen sukusiitosaste). 

Sukusiitoksen aiheuttamat haitat ovat moninaisia

Koirilla on etenkin aiemmin rotuja muodostettaessa käytetty runsaasti sukusiitosta. Tarkoituksena on ollut tuottaa tasalaatuisia ja periyttämisvarmoja eläimiä ja kasvattaa tietyn yksilön osuutta syntyvissä jälkeläisissä. Jokainen yksilö kantaa kuitenkin perimässään useita haitallisia alleeleja, joiden todennäköisyys tulla esiin jälkeläisissä kasvaa sukusiitoksen myötä. Lisäksi sukusiitetty eläin siirtää vain puolet perimästään jälkeläisilleen, jolloin edulliset homotsygoottiset alleeliyhdistelmät purkautuvat.

Tutkimuksissa on todettu sukusiitoksen haittavaikutusten alkavan näkyä sukusiitosasteen ylittäessä 10 %. Silloin todennäköisyys hedelmällisyyden ja elinvoiman heikkenemiseen kasvaa; nähdään esimerkiksi lisääntymisvaikeuksia, pentukuolleisuuden nousua, pentujen epämuodostumia, vastustuskyvyn heikkenemistä sekä tulehdusalttiutta. Ilmiötä kutsutaan sukusiitostaantumaksi. Sukusiitosasteen hidas kasvu monen sukupolven aikana pienentää kuitenkin haittoja verrattuna nopeaan, lähisukulaisten yhdistämisessä tapahtuvaan sukusiitokseen.

Suositellaan, että neljän-viiden sukupolven perusteella laskettu sukusiitosaste pysyy alle 6,25 %.

Käytännön tasolla yhdistelmien suunnittelussa voidaan katsoa riittäväksi, että tarkastellaan sukusiitosastetta sukutaulun perusteella ja käytetään siinä noin viiden sukupolven mittaisia sukutauluja. Suositellaan, että sukusiitosaste tällöin pysyy alle 6,25 %:ssa. Haluttaessa selvittää koko rodun tilannetta käytetään kuitenkin mahdollisimman pitkiä sukutauluja tai genomista sukusiitosastetta. 

Sukusiitosprosentin laskenta Kennelliiton tietokannassa

Koiran sukusiitosaste on puolet sen vanhempien välisestä sukulaisuussuhteesta. Isä-tytär -parituksessa jälkeläisten sukusiitosaste on vähintään 25 %, puolisisarparituksessa 12,5 % ja serkusparituksessa 6,25 %.

Sukusiitosasteen suuruus riippuu laskennassa mukana olevien sukupolvien määrästä. Vain samalla sukupolvimäärällä laskettuja sukusiitosasteita voi verrata keskenään. Kennelliiton jalostustietojärjestelmässä sukusiitosprosentti lasketaan oletusarvoisesti sillä sukupolvimäärällä, jonka kohdalla tunnettujen (tallennettujen) esivanhempien määrä ylittää puolet sukupolven kokonaisyksilömäärästä. Esimerkiksi kuudennessa sukupolvessa on sukutaulupaikkoja 64 esivanhemmalle. Jos esivanhemmista vähintään 33 kpl on tiedossa, sukusiitosaste lasketaan kuuden sukupolven mukaan. Laskennassa mukana oleva sukupolvimäärä ilmoitetaan prosentin yhteydessä ja laskennasta saa lisätietoa klikkaamalla koiran sukutaulun yläpuolella olevaa "sukusiitosprosentti"-linkkiä. 

Laskennassa huomioidaan vain sellaiset koirat, jotka esiintyvät sukutaulussa sekä isän, että emän puolella sukutaulua; tällöin vanhemmat ovat sukua keskenään. Vain yhden vanhemman taustalla toistuvat yksilöt vaikuttavat vain vanhemman omaan sukusiitosasteeseen. Sukusiitosasteen laskennan perusteisiin kuuluu lisäksi, että laskentaan ei poimita sellaisia koiria, jotka ovat sukutaulussa jo laskennassa mukana olevan koiran taustalla. Nämä yksilöt huomioidaan jo ensimmäisen laskennassa mukana olevan koiran kautta. Laskennassa mukana olevat koirat näkyvät tietokannan sukutaulussa erivärisellä pohjalla.

Genominen sukusiitosaste

Genomista sukusiitosta mitataan suoraan koiran DNA:sta vertaamalla perimän homotsygotian astetta koirien välillä. Eli tutkimalla, onko tietyllä koiralla vähemmän geneettistä vaihtelua muihin koiriin verrattuna. Tämä voidaan tehdä joko tutkimalla homotsygoottisen DNA-juosteen laajuutta ja pituutta (runs of homozygosity, ROH) eli yksilön genomissa olevia identtisiä osia tai vertaamalla erillisten homotsygoottisten geenimerkkien määrää siihen, mitä voitaisiin odottaa ei-sukusiitetyltä koiralta.

Genomisen sukusiitosasteen laskennan menetelmät voivat vaihdella kaupallisen tarjoajan mukaan ja laskennassa mukana olevien koirien valikoima vaikuttaa rodun keskiarvoihin. Koira voi siis saada erilaiset geneettiset sukusiitosasteet eri laboratorioilta, mutta tulosten tulisi kuitenkin olla samansuuntaiset. Genomisen laskennan standardoinnin puuttuessa ja tutkimustiedon vähyyden vuoksi ei ole vielä mahdollista antaa genomiseen sukusiitosasteeseen perustuvia jalostussuosituksia yksittäiselle koiralle.

Populaation tasolla rodun keskimääräinen genominen sukusiitosaste antaa viitteitä sukusiitostaantuman riskistä ja siitä, onko rodussa tarve monimuotoisuuden säilyttämiseen tai lisäämiseen tähtääville toimille. Korkeampi sukusiitosaste liittyy korkeampiin riskeihin, mutta tällä hetkellä ei kuitenkaan ole riittävästi tieteellistä näyttöä, että voitaisiin määritellä, millainen genominen sukusiitosaste on liian korkea. Todennäköisesti asiaan vaikuttaa myös rodun yleinen tilanne esimerkiksi terveyden suhteen ja historiallisen vs. nopean sukusiitoksen määrä

Lisätietoa ja kannanotto sukutauluun perustuvasta ja genomisesta sukusiitosasteen laskennasta Pohjoismaisen kennelunionin tieteelliseltä toimikunnalta

Sukukatokerroin

Kennelliiton jalostustietojärjestelmässä lasketaan myös koiran sukukatokerroin. Sukukatokerroin on korkea, kun sukutaulussa on mahdollisimman paljon eri koirayksilöitä ja matala, kun joku, tai jotkut koirayksilöt esiintyvät suvussa useasti. Sukusiitettyjen vanhempien yhdistäminen johtaa aina alhaiseen sukukatokertoimeen, vaikka jälkeläisen sukusiitosaste olisi nolla sen vuoksi, että vanhemmat eivät ole sukua keskenään. Alhainen sukukatokerroin siis liittyy suvussa olevan geneettisen vaihtelun vähäisyyteen, mutta se ei kuitenkaan kerro suoraan koiran heterotsygotian eli eriperintäisyyden tasosta.